A Duna szabályozását követően lerekedt morotva-tó maradványa. Nádas és fűzláp borítja. Sok állatfaj részére nyújtja az élő-, a szaporodó-, a táplálkozó- és a telelőhelyet.
Halfajai közül fokozottan védett a lápi póc és a réti csík, igen gazdag faj- és egyedszám jellemzi a kétéltűek osztályát is. A Kapszeg-tó Természetvédelmi Terület legnagyobb értéke a gazdag madárvilág. Itt található Tolna megye legnépesebb gémtelepe, amely ritka és fokozottan védett gázlómadarak, így az üstökösgém, a kis kócsag, a nagy kócsag, a szürke gém, a bakcsó és a vörös gém otthona. A telepen kívül költ a fokozottan védett cigányréce, a kanalasgém és a fekete gólya, költési és vonulási ideje alatt gyakran táplálkozik itt a kis békászósas és a rétisas. Legértékesebb védett növényei közé tartozik a békaliliom, a békakonty, a lápi csalán, a nyári tőzike és a hússzínű ujjaskosbor. A területet 2006-ban nyilvánították védetté.